Dès août 1789, la Révolution commence à mettre à bas cet édifice …
Le principe de la religion d’État est, de fait, aboli par la Déclaration des Droits de l’Homme et du Citoyen qui consacre liberté de conscience et liberté d’expression.
Une part importante de ses ressources est tarie avec la suppression de la dîme (prélèvement qu’elle effectuait sur toutes les productions, surtout agricoles).
Puis, c’est un de ses principaux moyens de contrôle social qui disparaît avec la création de l’état civil : dorénavant, naissances, mariages et décès sont enregistrés en mairie et l’inscription sur les registres paroissiaux devient facultative. Le mariage devient un simple contrat entre deux personnes, libres de le rompre par un divorce.
Les Révolutionnaires voudront bientôt appliquer les principes démocratiques à l’Église, avec l’élection des curés et des évêques. Les clercs devront prêter allégeance aux dirigeants de la Nation par un serment civique. C’est toute l’organisation de l’Église de France qui est ainsi remodelée par la Constitution civile du clergé de juillet 1790.
Le monopole institutionnel de l’Église est aboli : protestants et juifs, jusque-là persécutés ou, au mieux, tolérés, deviennent citoyens.
Mais, après l’exécution de Louis XVI (21 janvier 1793) et les enrôlements massifs de paysans dans les armées révolutionnaires qui font face aux assauts des puissances européennes liguées contre la République , une guerre civile fait des ravages, avec des régions particulièrement touchées. Une partie non négligeable du clergé prend parti pour la monarchie, refuse le serment civique… et les Vendéens se constituent en une Armée catholique et royale.
Les Républicains poursuivent leur action contre l’Église : le 2 sans-culottide an II (18 septembre 1794), tout financement des cultes est supprimé ; le 3 ventôse an III (21 février 1795), est affirmé à la fois la liberté des cultes et la séparation des Églises et de l’État.
L’ambitieux général, vainqueur en Italie, de retour d’Égypte, arrive auréolé de gloire à Paris. Le coup d’État du 18 Brumaire an VIII (9 novembre 1799) lui permet de devenir Premier consul, avec des pouvoirs quasi absolus.
Le calme n’est pourtant pas totalement rétabli à l’intérieur et les menaces extérieures subsistent (ce ne sera qu’après la victoire de Marengo que l’Angleterre qui anime la coalition contre la France signe la Paix d’Amiens le 25 mars 1802).